その後、V4がリリースされているので最新版のEchoでは本記事の問題は解決しているかもしれません。（未確認）
GAE/GoにEchoを導入しようとしてハマった件について。
結局、最新バージョンのEchoV3（2018/3/20当時の最新）はGAE環境で動かせませんでした…
妥協してV2では動かすことが出来たので、同じ様にハマっている方の参考になればと記事にしてみます。
EchoのバージョンV3だと動かない？
最新のEchoのV3でセットアップを始めました。
公式のマニュアルを参考にセットアップを行いました。
公式マニュアル
ですが、下記のようなエラーが。
GAEでは、unsafeパッケージをインポートしちゃダメってことのようですが、Echoが参照しているライブラリでインポートしているんですよね。
色々試してみましたが、解決せず。
諦めて、情報が豊富なV2で試してみることに。
EchoのV２でセットアップ
V2だと無事にセットアップ出来ました！
下記のQiitaの記事の通りに進めれば無事にセットアップ出来ます。
Go製のフレームワークechoを使ってJSONを返すWebサーバーを作り、GoogleAppEngineで動かす
補足するとしたら、Echoのバージョンの切替方法でしょうか。
バージョンの切り替えは、go getでEchoを取得しているとGitリポジトリになっているので、Gitの操作でバージョンを切り替える事ができます。
Echoのディレクトリで、下記のコマンドでV2のブランチに切り替え。
依存関係でエラーが出るので、下記のモジュールをクローンします。
これで無事に動きました。
まとめ：本当はV3が使いたい
一応動くようにはなりましたが、バージョンを下げて対応という結果でした。
これって、V３の開発が進めば解決するんですかね？
もしくは、単なる僕のミスでV３でもちゃんとセットアップ出来たりして…
GAE/Go/EchoV3でセットアップ出来た方がいれば教えていただきたいです。
追記
kashitakaさんよりコメントを頂きました、別のフレームワークのGinを使うという選択肢もありですね！
無理してEchoの古いバージョンを使うよりGinの最新版を使った方が良さそうです。
kashitakaさん、貴重な情報ありがとうございました！
その後、V4がリリースされているので最新版のEchoでは本記事の問題は解決しているかもしれません。（未確認）